Das Mittelmeer ist das größte von Landmassen völlig umschlossene (Neben-)Meer – allerdings nicht das größte Mittelmeer. In seiner heutigen Form und mit seiner heutigen Biozönose ist es erst vor etwas mehr als fünf Millionen Jahren entstanden. Mit einer Fläche von knapp 3000000 Quadratkilometern stellt es – zusammen mit dem Schwarzen Meer – einen Miniaturozean dar, der gut für biogeographische Betrachtungen geeignet ist. In geologischer wie biologischer Hinsicht ist das Mittelmeerbecken mit seiner Tier- und Pflanzenwelt jedoch eine der komplexesten Regionen der Erde.

In vielerlei Hinsicht mag das Mittelmeer zu Recht als eines der am besten erforschten Gewässer der Erde gelten, da bereits seit der Antike Strömungen, Wetterbedingungen, Untiefen, aber auch Tier- und Pflanzenarten mehr oder weniger systematisch erfasst wurden. Dennoch hält es immer wieder Überraschungen bereit. Auch für Biogeographen ist der Mediterran vielfach Neuland, denn längst nicht alle Arten oder deren genaue Verbreitung sind bekannt. Oft haben biogeographische Arbeiten noch nicht einmal das Stadium rein chorologischer Bestandsaufnahmen erreicht, von der unzureichenden Kenntnis des Arteninventars und der systematischen Erforschung im Zusammenhang mit Taxa benachbarter Regionen ganz zu schweigen. Mithin spiegeln Verbreitungskarten – sofern überhaupt verfügbar – weniger das tatsächliche Vorkommen einzelner Taxa wider als vielmehr die Orte biologischer Stationen und/oder von Probenahmestellen. Hinzu kommt, dass sich die Verbreitung vieler Faunen- und Florenelemente anthropogen bedingt zum Teil dramatisch verändert hat.

Die Verbreitungsmuster von Tieren und Pflanzen sind nicht allein durch heute wirksame physikalische oder biotische Faktoren verursacht; vielmehr sind sie als das Ergebnis von Vorgängen anzusehen, die in der erdgeschichtlichen Vergangenheit liegen. Das Unterscheiden und Beurteilen von einerseits historischen und andererseits ökologischen Faktoren ist daher von großer Bedeutung.

Die Arbeit der Biogeographen wird unter anderem auch durch das unvollständige Wissen über die wirklichen Verbreitungsareale von Arten, die Auswirkungen der Eiszeiten und damit zusammenhängender eustatischer Schwankungen des Meeresspiegels und nicht mehr existierender Landbrücken oder Meeresstraßen erschwert. Besonders bei den Invertebraten tragen eine unklare Taxonomie, zahlreiche Fehlbestimmungen und fehlende oder lückenhafte Verbreitungsangaben dazu bei, dass Biodiversität und Biogeographie mariner Organismen nur ungenügend erfasst werden können. Und vor allem hat der Mensch seit seinem Auftreten im Mittelmeerraum die Organismenwelt zunächst vor allem im terrestrischen, später aber auch im marinen Bereich in dramatischer Weise beeinflusst. Durch die anthropogene Einwirkung wurden fremde Arten eingeschleppt und andere ausgemerzt.

Vor mehr als 130 Jahren wurde mit dem Bau des Suezkanals die alte Verbindung zum Indopazifik wieder geöffnet und damit ein bemerkenswertes biogeographisches und ökologisches Experiment gestartet. Aber auch auf anderen Wegen sind Arten verschleppt worden – beispielsweise mit der Schifffahrt, etwa im Ballastwasser, an Schiffsrümpfen und Ankern –, so dass Biologen in manchen Fällen nicht mehr sagen können, ob bestimmte Arten „von Natur aus“, also bevor der anthropogene Einfluss eingesetzt hat, im Mittelmeer vorgekommen sind (also hier autochthon sind) oder nicht. Trotz dieser Einschränkungen ist es in vielen Fällen möglich, ein erstes Bild der marinen Biogeographie des Mittelmeeres zu zeichnen.